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조세일보는 한국조세정책학회와 공동으로 오는 12일 오후 2시부터 4시까지 서울 여의도 한국경제인연합회(FKI) 타워 컨퍼런스센터 2층 사파이어홀에서 'R&D 투자 활성화를 위한 조세정책토론회'를 개최한다.

2025년 세법 개정으로 국가전략기술 범위가 AI 등으로 확대되고 일몰 기한이 2027년까지 연장되는 등 R&D 세제 지원이 강화됐지만, 산업계와 학계에서는 실효성이 부족하다는 비판이 이어지고 있다. 이에 조세일보와 한국조세정책학회는 R&D 투자 관련 법령 및 과세 제도의 문제점을 짚고 현장에서 실질적으로 작동하는 활성화 방안을 모색하기 위해 이번 토론회를 마련했다.

의제 1 - 직접환급제(Direct Pay) 도입

세액공제율을 높였음에도 대규모 투자로 적자 상태인 배터리·바이오 기업들은 감면받을 법인세 자체가 없어 혜택에서 사실상 소외되고 있다. 미국은 인플레이션 감축법(IRA), 유럽은 핵심원자재법(CRMA)을 통해 이미 현금 환급(Direct Pay) 또는 세액공제 양도(Transferability) 제도를 시행 중이다.

핵심 쟁점으로는 정부의 직접 환급과 제3자 세액공제 양도 중 어떤 방식을 택할지, 세수 결손을 우려하는 재정경제부의 신중론과 글로벌 경쟁력 확보를 위한 유동성 공급 필요성 중 무엇을 우선할지, 대기업 특혜 논란과 중소·소재 기업으로의 낙수효과 중 어느 쪽에 무게를 둘지가 꼽힌다.

입법 추진 과정을 보면, 이연희 의원이 지난해 1월 22일 국가전략기술 투자세액공제의 직접 환급·제3자 양도를 제도화하는 조세특례제한법 일부개정법률안을 대표발의했다. 이어 2월 4일에는 신영대 의원 주최로 '이차전지 배터리 직접환급제 도입 국회 토론회'가 열려 배터리 업계와 정치권이 같은 정책 방향을 논의했고, 2월 들어 관련 언론·업계 논의가 확대되며 이른바 '한국판 IRA' 프레임이 본격화했다.

지난해 4월 24일에는 이연희 의원 법안이 국회 기획재정위원회에 상정돼 심사 절차에 들어갔으며, 9월 23일에는 이연희 의원과 한국배터리산업협회가 공동 주최한 토론회에서 직접환급·제3자 양도제도의 구체적 필요성과 설계 문제가 다시 논의됐다. 하반기 들어서는 유사 법안이 잇따라 발의되면서 직접환급 문제가 개별 의원 차원을 넘어 기재위 차원의 입법 쟁점으로 확대됐다.

의제 2 - R&D 비용 범위 확장…무형자산·데이터 패러다임 전환

기존 R&D 세액공제는 인건비·재료비 중심으로 설계돼 AI 산업 등의 핵심 비용 구조인 데이터 구매비, 클라우드 이용료 등을 포괄하지 못하고 있다. 이에 따라 2026년 시행령 개정안에 포함된 'AI 학습용 데이터 구매비'의 공제 범위 확정 여부, 클라우드 이용료 등 무형자산 투자를 R&D 비용으로 인정할지 여부, 전통 제조업 기준 세제에서 IT·신산업 중심의 'R&D 정의 재정립'으로 전환할지가 쟁점으로 논의될 예정이다.

의제 3 - 사후관리 부담 완화

세액공제를 받은 이후 'R&D 해당 없음' 판정으로 거액의 가산세를 부과받는 사례가 늘면서, 중소·중견기업이 오히려 R&D 세제 자체를 기피하는 역효과가 나타나고 있다. 이에 R&D 사전심사 제도 확대 및 처리 기간 단축, 현행 5년인 사후관리 기간의 단축 여부, IT·제조 융합 프로젝트의 R&D 판단 기준 명확화를 통한 예측 가능성 제고 방안이 논의된다.
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